Trennung von Stoffgemischen durch Chromatografie an Filterpapier durch unterschiedliche, durch zwei Lösungsmittelphasen bewirkte Verteilung der Substanzen. Als Träger der wässrigen Phase (stationäre Phase) verwendet man ein wasserdampfgesättigtes Filterpapier.
Auf dem Papier wird ein Tropfen der gelösten, zu untersuchenden Substanzprobe aufgetragen. Ist der Startfleck eingetrocknet, so lässt man als mobile Phase Butanol oder ein anderes mit Wasser begrenzt mischbares, wassergesättigtes organisches Lösungsmittel durch die Papierkapillaren strömen. Die einzelnen Substanzen des Gemisches verteilen sich zwischen der mobilen Phase und den wasserhaltigen Fasern des Papiers. Dabei werden stärker hydrophile Stoffe von der stationären Phase zurückgehalten, während weniger hydrophile Substanzen mit der beweglichen Phase wandern.
Die Wanderungsgeschwindigkeiten der einzelnen Substanzen hängen von ihrer Verteilung zwischen Wasser und dem betreffenden Lösungsmittel ab. Als Ergebnis erhält man eine Reihe von Substanzflecken, die durch Anfärben mit bestimmten Sprühreagenzien oder durch ihre Fluoreszenz unter der UV-Lampe sichtbar gemacht werden können. Als Maß für die Wanderungsgeschwindigkeit der Flecke dient der Rf-Wert (Retentionsfaktor), der als Quotient aus der Laufstrecke der Substanz (S) und Laufstrecke der mobilen Phase (M) definiert ist: Rf = S/M
Die Rf-Werte hängen u. a. vom Lösungsmittel, von der Papiersorte und der Temperatur ab, sind aber bei gleichen Bedingungen für die einzelnen Substanzen charakteristische Konstanten. Häufiger als die Papierchromatografie wird heute die Dünnschichtchromatografie verwendet.