Knöllchenbakterien sind aerob lebende Rhizobium-, Strahlenpilz- und auch Cyanobakterienarten, die in Symbiose mit höheren Pflanzen den reaktionsträgen Luftstickstoff in organische Verbindungen überführen können. Die mit Knöllchenbakterien infizierten Pflanzen bilden – von diesen durch Wuchsstoffe angeregt – an ihren Wurzeln Gewebswucherungen, die Wurzelknöllchen, in denen die Bakterien »im Tausch« v. a. mit Kohlenhydraten versorgt werden.
An den Wurzeln dieser Pflanzenarten (z. B. bei manchen Schmetterlingsblütlern) findet man kleine, rundliche Verdickungen, sog. Wurzelknöllchen. In ihrem Innern leben die Knöllchenbakterien, die mithilfe des Enzyms Nitrogenase und unter ATP-Verbrauch Luftstickstoff (N2) zu Ammoniumstickstoff (NH4+) reduzieren.